Realmente depende de dónde quieras ir. He estado en Japón siete veces y solo he necesitado un coche una vez.
En las zonas urbanas, como Kansai (Osaka y ciudades cercanas como Kioto, Kobe, Nara, Himeji) o Tokio, el transporte público es bastante cómodo. Y navegar dentro de una zona urbana (por ejemplo, de Osaka a Kioto) no es caro (de hecho, hay varios trenes con diferentes tarifas según la velocidad a la que vayan).
En las zonas rurales, como Okinawa, un coche es muy útil. Hay muchas playas y lugares a los que no se puede llegar fácilmente en transporte público. Incluso ir de Naha (la prefectura regional) al famoso acuario de Churaumi llevaría mucho tiempo sin un coche o sin reservar una excursión. Todavía no he estado allí, pero supongo que la situación sería similar en Hokkaido, aunque parece que la red de trenes está más desarrollada allí.
Un elemento que debe tener en cuenta en su decisión: aparcamientos . Debe comprobar si su alojamiento dispone de aparcamiento, ya que normalmente no es posible aparcar en las calles (estrechas) y los aparcamientos pueden ser bastante caros.
No tengo experiencia en ir de una gran ciudad a otra (por ejemplo, de Tokio a Osaka) pero, según @lambshaanxy, es bastante caro. Sin embargo, el Shinkansen no es barato.
pero también que, aparte de las carreteras principales, puede ser difícil para los extranjeros navegar por el interior de Japón.
Por mi experiencia en Okinawa, la navegación por GPS es realmente agradable en Japón. Puedes encontrar un lugar utilizando su número de teléfono o usando su Código de mapa Una serie de números que lo identifican. No es necesario teclear una dirección con el alfabeto japonés. Y la mayoría de los mapas turísticos (como los que puedes encontrar en los aeropuertos) tienen los códigos de las zonas turísticas.
Además del GPS, si quieres ir fuera de las ciudades, puedes alquilar un wifi de bolsillo en el aeropuerto. La mayoría son baratos y vienen con datos ilimitados, un cargador que puedes usar con otros dispositivos,...
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Depende de dónde quieras ir. Si quieres ceñirte a las ciudades (grandes y pequeñas), un coche sólo sería un estorbo. Pero si quieres apuntar específicamente al campo (del que hay menos que en Alemania), quizá quieras alquilar un coche.
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Si utiliza las principales líneas de transporte público, probablemente encontrará que la frecuencia es lo suficientemente alta como para que hacer una parada corta no sea un problema (especialmente si tiene el JR-pass, con el que puede bajar y subir fácilmente a los trenes). Por supuesto, hay que comprobar los horarios. El problema puede ser más bien que no haya una manera fácil de llegar a donde quieres desde la estación, pero eso sólo sería un problema en el campo.
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Si no se va demasiado al campo (por ejemplo, a Okinawa o al interior de Hokkaido), casi nunca se necesitará un coche. Además, las tarifas de aparcamiento son bastante caras en las ciudades.