El número de vuelo tiene básicamente dos partes, los dos primeros caracteres identifican la compañía aérea venta de el vuelo y los dígitos restantes son el identificador de vuelo de la compañía aérea.
Los dos primeros dígitos son el código de la aerolínea asignado por la IATA, que originalmente se basaba en el nombre de la aerolínea, es decir: BA - British Airways, DL - Delta, etc. Sin embargo, debido a la proliferación de aerolíneas, a muchas de las más recientes se les asignan simplemente los dos caracteres que aún están disponibles (incluidos los números, que suelen ir emparejados con una letra).
Los caracteres restantes (de 1 a 4) son el designador interno de la aerolínea para ese vuelo. La mayoría de las aerolíneas tienen un sistema de numeración, como por ejemplo del 1 al 1999 para los vuelos nacionales, del 2000 al 4999 para los vuelos internacionales, del 5000 al 7999 para los vuelos de código compartido, etc. Pero no hay un estándar, cada aerolínea crea el suyo propio.
Asimismo, las compañías aéreas son libres de elegir cómo asignar los números de vuelo a un vuelo o a una serie de vuelos. Este aspecto puede ser más confuso, porque no hay mucha coherencia incluso dentro de una misma compañía. Se puede asignar un número de vuelo a un vuelo que sólo va de A a B. Se puede asignar un número de vuelo a un vuelo que va de A a B a C (incluso uno que cambia de avión en B). Se puede asignar un número de vuelo a un viaje de ida y vuelta que vaya de A a B y a A.
Los números de vuelo de código compartido pueden coincidir a veces con el número de la aerolínea operadora o, más a menudo, utilizar simplemente el sistema de numeración de la aerolínea vendedora.
El número de vuelo utilizado para el control del tráfico aéreo es diferente, ya que la parte de la compañía aérea es un código de tres letras combinado con el número de vuelo original. También utilizan el número de cola, que es único para cada avión. Los números de cola se asignan en función de las normas del país en el que está registrada la aeronave.
Debido a la gran cantidad de aerolíneas que están surgiendo, los códigos de tres dígitos de las aerolíneas pronto podrían ser comunes también en el lado de los viajeros.