La razón por la que ves similitud es porque es un "viejo" aeropuerto. Originalmente, los aeropuertos eran llamados por el nombre de la ciudad. El aeropuerto de Los Ángeles era LA, San Francisco era SF, San José era SJ, etc. Estos son los códigos IATA.
Pero, no hay suficientes combinaciones de 2 letras para todos los aeropuertos, y se añadió una letra adicional. Así, LA se convirtió en LAX (LAA es un aeropuerto en Colorado), SF se convirtió en SFO (SFA es un aeropuerto en Túnez), San José se convirtió en SJC, etc. Los nuevos aeropuertos no tenían suficientes combinaciones disponibles para seguir la convención. El Aeropuerto Orchard Field de Chicago se convirtió en ORD (solo la "O" tiene similitud).
San José, California es SJC. ¿Pero qué pasa con San José en Filipinas? Es SJI. ¿Y San José en Costa Rica? Es SJO.
Otros conflictos también afectan la codificación: por ejemplo, el Aeropuerto de Londres Gatwick es LGW, porque LGA está tomado por el Aeropuerto LaGuardia de la ciudad de Nueva York (ambos tienen acrónimos LGA).
Muchos países sistematizan la codificación internamente, por ejemplo muchos aeropuertos más nuevos de Canadá comienzan con Y, lo que los agrupa en las listas de aeropuertos. Los nuevos códigos de 4 letras de la OACI (no confundir con los códigos de 3 letras de la IATA, no son lo mismo) tienen la primera letra (o las dos primeras) para marcar el país/región K para Estados Unidos (entonces LAX se convierte en KLAX), C para Canadá (entonces Toronto YYZ se convierte en CYYZ), E y L para Europa, EG para el Reino Unido (cambiando LHR a EGLL), etc, etc. Algunos conservan las 3 letras en la codificación de 4 letras (como LAX->KLAX), otros no (como LHR->EGLL).
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Muchos aeropuertos más pequeños en los EE.UU tienen poco parecido con el nombre de la ciudad, también. Uno cerca de mí en Newton, Kansas es EWK. ¿E y W al menos se encuentran en el nombre de la ciudad, pero K?!
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@Frágil: nEWton, Kansas
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Para la segunda "Y" en "YYZ", me pregunto si York (ahora parte de Toronto) está involucrado de alguna manera... (No sé si el aeropuerto está en el antiguo York o en el Toronto original.)
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@Flimzy La razón es que 'N' está reservada para ubicaciones Navales. Ver respuesta abajo.