Descargo de responsabilidad: Nunca he estado en Indonesia, pero pienso ir en agosto+septiembre. Hay algunas preguntas bastante detalladas que no puedo responder, pero creo que hay una cuestión bastante importante que deberías tener en cuenta antes de pensar en las demás:
El mes de ayuno islámico, Ramadán es del 18 de junio al 16 de julio de este año. Los musulmanes observantes no pueden comer desde la salida hasta la puesta del sol. Una de las fiestas más importantes de Indonesia, el Lebaran o Eid al-Fitr, sigue directamente al Ramadán. Oficialmente dura dos días, pero normalmente el gobierno declara algunos días más en torno a ellos como días festivos generales. Mucha gente aprovecha estas fiestas para visitar a su familia y amigos o para irse de vacaciones.
En una zona densamente poblada como Java, con una infraestructura de transporte que no es precisamente óptima, esto significa necesariamente una gran congestión en las carreteras, un exceso de reservas en el transporte público y un aumento de los precios del alojamiento. Por lo que he oído, el transporte público suele reservarse con semanas de antelación.
He oído hablar de una molestia adicional: Los musulmanes observantes tienen que rezar más a menudo y también más temprano por las mañanas durante el Ramadán. Esto significa que se puede oír al almuédano haciendo su llamada a la oración más a menudo, muy temprano por la mañana (mucho antes de que salga el sol) y más fuerte que durante el resto del año.
Las leyes religiosas no se aplican tan estrictamente como en los países más conservadores (excepto posiblemente en Aceh). Esto significa que, como occidental/no musulmán, no deberías tener problemas para conseguir comida durante el día.
Hay que tener en cuenta que, al ser Indonesia un país tan grande y diverso, los problemas que he señalado pueden suponer un grave problema en algunas zonas (Aceh, la provincia más conservadora; Java, al estar tan densamente poblada) mientras que en otras no te afectan demasiado (Bali es mayoritariamente hinduista).
En definitiva, viajar por Java en julio sin reservar con antelación y ser muy flexible puede no ser una buena idea. Una idea es dar la vuelta a la ruta prevista para llegar a Java después de Lebaran.
Para el resto de tus preguntas, depende sobre todo de lo que quieras hacer/cómo quieras viajar.
¿Es realista (o demasiado/poco) para 31 días? ¿deberíamos ir también a la isla Rinca?
Ciertamente no es demasiado poco, para mi sensación. No olvides que las distancias son bastante largas (al menos para mí, que soy de la pequeña Austria ;) ) y necesitarás tiempo para desplazarte. Personalmente, condensaría un poco el itinerario: Tanto en Rinca como en la isla de Komodo, la principal atracción son los dragones. Si no hay una buena razón para ir a las dos, preferiría pasar un día más en una de ellas.
¿Está bien no reservar nada de antemano? Queríamos cogerlo sobre la marcha (por si cambiamos de planes en marcha). ¿O es necesario reservar con antelación algunas excursiones u hoteles?
Normalmente me gusta reservar con antelación algunos puntos clave de mi itinerario y luego rellenar los huecos sobre la marcha; de este modo se consigue cierta flexibilidad y se evita tener que dedicar demasiado tiempo a buscar transporte y alojamiento que, de otro modo, se podría dedicar a explorar o a disfrutar de una bonita playa.