No soy un experto definitivo en el tema pero esta personalización de un vuelo, llamada servicios auxiliares, suele ser comercializada a agentes de viajes como un generador de beneficios.
Primero aclaremos los diferentes actores. Las aerolíneas ofrecen y operan los vuelos, las compañías GDS (Sistemas Globales de Distribución) distribuyen los vuelos a los agentes de viajes y estos venden al viajero (tú). Los agentes de viajes pueden ser tu agente de viajes local en su oficina, el agente de viajes en línea (OTA) como Expedia, Opodo o Kayak, o la aerolínea misma a través de su sitio web, servicio telefónico u oficinas.
En todos los casos, el agente de viajes decide qué servicio auxiliar vender al cliente. El agente de viajes probablemente paga para implementar la distribución del servicio (al GDS) y recibe una tarifa por cada transacción realizada. Como la selección de comidas no suele ser una opción lucrativa - generalmente es gratuita y creo que las personas religiosas o alérgicas reaccionarían mal si tuvieran que pagar por una comida específica - no vale la pena ofrecerla para los agentes de viajes. Como comentó @drat, las aerolíneas también tienen poco incentivo (y mayores costos logísticos) para ofrecerlas. Por lo tanto, tiene sentido no ofrecer la elección de comida directamente en línea. Ten en cuenta que algunas OTAs ofrecen un campo de texto gratuito al final de la reserva sin prometer que será leído por alguien (he visto esto en govoyages, por ejemplo).
En el caso de Emirates y Singapore Airlines, tengo en mente que su imagen se basa en la apertura de mente, globalización y respeto a la cultura de los viajeros. Insisto en el hecho de que es la imagen que tengo, es posible que no sientas lo mismo. Pero ofrecer una selección de comida es un buen argumento de marketing para una aerolínea en crecimiento a nivel mundial. Por el contrario, Air Transat se enfoca principalmente en los canadienses que visitan el Caribe y los viajeros transatlánticos, con menos variedad de viajeros. Ofrecer una gran variedad de comidas sería más una carga que un argumento de marketing para ellos. Y Air Transat ofrece servicios auxiliares en su sitio web como la selección de asientos, por lo que es una elección deliberada no ofrecer la selección de comida.
Al final, supongo que las razones son económicas. Es más económico ofrecer menos opciones y no preparar demasiadas comidas. Depende del agente de viajes de quien compras tus boletos, pero no hay una regla sobre quién ofrece la selección de comidas o no. Si esto es importante para ti, puedes intentar comprar tus boletos con otro agente de viajes, podría funcionar mejor.