Creo que es imposible dar una respuesta definitiva a esa pregunta.
La norma de control es el Código de fronteras Schengen, concretamente su artículo 5:
A efectos de la aplicación del apartado 1, la fecha de entrada se considerará el primer día de estancia en el territorio de los Estados miembros y la fecha de salida, el último día de estancia en el territorio de los Estados miembros. Los períodos de estancia autorizados en virtud de un permiso de residencia o de un visado de larga duración no se tendrán en cuenta en el cálculo de la duración de la estancia en el territorio de los Estados miembros.
No creo que responda inequívocamente a su pregunta en un sentido o en otro. Como todas las lenguas tienen el mismo peso, también he comprobado las versiones alemana y francesa del Reglamento y son igualmente ambiguas.
La prueba más contundente de que esta sentencia debe interpretarse de una manera específica sería una sentencia del TJUE, pero que yo sepa nunca ha tenido que pronunciarse sobre esta cuestión en concreto.
Y por supuesto, sin sellos de entrada o salida en las fronteras interiores, la aplicación sería casi imposible, pero eso es obviamente una cuestión distinta.