No hay experiencia de primera mano, pero sí algo de información basada en fuentes online:
Mirando la página web del aeropuerto, probablemente estarías tomando el autobús 50 a Basilea que es operado por BVB (La empresa de transporte público de Basilea).
El sitio web de BVB tiene un página de entradas individuales que sólo habla de francos suizos. Sin embargo, también puede comprar el boleto de una máquina que acepta monedas de euro:
Las nuevas máquinas expendedoras de billetes no sólo ofrecen la gama completa de billetes (billetes de varios viajes, billetes de un día, billetes de grupo, billetes transfronterizos billetes), también ofrecen el pago en efectivo (Tarjeta postal, EC-Maestrocard); si prefieres pagar en efectivo, la máquina acepta tanto los francos suizos como las monedas de euro .
Así que probablemente se las arreglan con euros, suponiendo que haya tal máquina de billetes en el aeropuerto. Aunque tal vez sea mejor conseguir algunos francos suizos de antemano, por si acaso. (O simplemente retirarlos después de llegar al aeropuerto BSL.) Los vas a necesitar en Suiza de todos modos.
Algo relacionado, el aeropuerto FAQ menciones:
En el sector francés del aeropuerto, se suele pagar en euros, en el sector suizo en francos suizos.