Del sitio web del Alto Comisionado de Sudáfrica :
Todo extranjero que abandone la República después de la expiración de su permiso será sancionado con una multa administrativa de un importe multa administrativa de una cantidad determinada que no exceda de R3000,00, que será impuesta por el Departamento al detectar la sobreestadía y se exigirá cuando dicho extranjero sea admitido o presente una solicitud ante el Departamento.
La falta de pago de la multa prescrita supondrá que el extranjero no admitido en Sudáfrica, ni se le expedirá un visado o permiso o, si ya admitido, no se le expedirá o renovará un permiso ni se le permiso posterior.
Así que sí, hay una penalización, pero aunque frustrante no es el fin del mundo. Ciertamente no hay tiempo de cárcel, por ley. Sin embargo, debes asegurarte de que lo sepan y paguen la multa, ya que si se descubre después de que te vayas y no has pagado, se te prohibirá volver a entrar. Y sí, es posible que no piense en volverás a Sudáfrica, pero ¿realmente quieres descartar eso para el resto de tu vida?
Que lo encuentren o no es probablemente subjetivo, pero probablemente al menos puedas jugar la carta de la simpatía con el robo del pasaporte y demás: dales los detalles, y si consigues a la persona adecuada puede que incluso reduzcan la multa, o la eliminen.
Pero definitivamente, págalo, no trates de evitarlo.
EDIT: Fui a buscar más información.
Desde Casa de Sudáfrica en el Reino Unido (actualizado el 7 de octubre de 2014):
La persona que sobrepasa la estancia después de la expiración de su visado, como contemplado en el artículo 30(1)(h) de la Ley, puede:
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En el caso de una persona que sobrepase el plazo de 30 días, ser declarada indeseable por un periodo de 12 meses;
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En el caso de una persona que sobrepase la estancia por segunda vez en un periodo de 24 meses, ser declarada indeseable por un periodo de dos años; y
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En el caso de una persona que sobrepase los 30 días de estancia, ser declarada indeseable por un periodo de cinco años.
Así que a partir de ahí, parece que puede depender del tiempo que te hayas quedado, pero de nuevo, no hay cárcel.
En la misma página, se proporciona un proceso de apelación, si desea presentar un caso para volver antes.
Recientemente, los zimbabuenses se han beneficiado de un indulto por haber sobrepasado su estancia en el país. .
El Departamento de Interior enumera un proceso de apelación por exceso de estancia.