Según el sitio web de la SBB obtendría una Swiss Family Card gratuita, y su hija viajaría gratis si el adulto acompañante tiene un billete válido del Swiss Travel System (Swiss Pass, Swiss Holiday Card, etc.). Puede obtener esta tarjeta en las taquillas, pero también debería poder obtenerla en línea (si reserva su(s) billete(s) del Swiss Travel System en línea, tiene la opción de añadir la Swiss Family Card), así que depende de lo que vaya a adquirir o de lo que ya tenga.
Una nota: la página web de la SFF no conoce la existencia de una "Junior Travelcard"; puede que sea algo del pasado.
Y un segundo apunte: puede que tengas que tener cuidado con el billete/pase/tarjeta que consigas, porque sobre todo en los ferrocarriles de montaña, puede haber o no un descuento. Podrías volver a preguntar cuando tengas un itinerario (a no ser que eso vaya en contra de "las normas" ).
Como se ha dicho en otro comentario, es posible que haya colas, pero deberían moverse con relativa rapidez; podrías apuntar a un mostrador que diga "Abonnemente" o "Freizeitangebote" (ten en cuenta que hace dos años que estuve por última vez en la estación del aeropuerto de Zúrich, así que es posible que las cosas hayan cambiado); de lo contrario, simplemente haz cola. Si es sólo para la Swiss Family Card, no debería tardar tanto.
Además, no se preocupe por no coger un tren en concreto; dependiendo de a dónde vaya, tendrá otra conexión media hora o al menos una hora más tarde.
De lo contrario: ¡Disfrute de su estancia en Suiza!