El mejor listado online de trenes nocturnos que conozco es RailDude. Por ejemplo, la página de Alemania http://www.raildude.com/en/germany/country/de Enumera todos los trenes nocturnos disponibles que pasan por Alemania, puede hacer clic en uno para ver el horario, el tipo de alojamiento, los precios, etc.
seat61 tiene mucha información, pero es más una guía que un listado de trenes, y se centra en cómo llegar desde el Reino Unido a los lugares, más que en cómo moverse por Europa.
Otra opción es comprar una copia del horario europeo de trenes (busque en Google "European Rail Timetable")
Por último, para comprobar rutas específicas, vaya a http://reiseauskunft.bahn.de/bin/query2.exe/en y busque la ruta (el sitio está gestionado por Deutsche Bahn pero cubre la mayor parte de Europa), dando una hora de salida por la noche. Los trenes nocturnos aparecerán como EN (Euronight), CNL (CityNightLine) o D en la columna de productos.