Ambos son muy fáciles de acceder. Como ha señalado Artem, se puede tomar el NJ Transit desde Newark hasta NY Penn Station, que es más cómodo que el metro.
En realidad, puedes hacer un viaje casi idéntico desde el aeropuerto JFK: coges el AirTrain desde tu terminal hasta la parada de Jamaica, y luego puedes hacer un transbordo a cualquier tren de Long Island Railroad (LIRR) con destino a Penn-Station. Terminará en la misma ubicación central y conveniente de Manhattan que la opción de NJ Transit desde Newark.
Puede ser una mejor opción volar al JFK, dado que es un fin de semana. Parece que el LIRR circula con más frecuencia a esa hora del día los sábados (unas 3 veces por hora). Los trenes de NJ Transit parecen pasar a las 0:04 y a las 0:15 de la hora, por lo que podrías acabar esperando unos 50 minutos por un tren. (Puede ver el Horario de NJ Transit - seleccione Aeropuerto de Newark a Estación Penn de Nueva York - y Horario del LIRR - Jamaica a Penn Station - usted mismo). Ambas opciones le costarán entre 12 y 15 dólares por persona y le dejarán en el centro de Manhattan, con fáciles conexiones con unas 8 líneas de metro.
También tiene la opción de tomar 2 autobuses de Newark a Penn Station que, según Google Maps, tarda más o menos lo mismo (unos 40 minutos) que tomando el tren desde el JFK . Eso, por supuesto, no tiene en cuenta el tráfico que pueda haber en el autobús.
El aeropuerto JFK tiene la opción adicional de tomar el metro hasta Manhattan. Aunque es más barata (5 dólares por el AirTrain + 2,25 dólares por el metro), me parece que esta opción tarda mucho más y, si hay mucha gente, lidiar con el equipaje puede ser un suplicio.
About.com tiene un buen resumen de todas sus diferentes opciones para los viajes JFK-Manhattan, así como Viajes EWR-Manhattan . (Hay autobuses de enlace disponibles desde ambos aeropuertos a varios lugares de Manhattan, pero no puedo hablar por experiencia sobre ellos).
Mi recomendación personal sería volar al JFK; coger el AirTrain hasta el LIRR es una buena opción intermedia que combina comodidad, confort y asequibilidad. (Los taxis son caros, los autobuses suelen ser más lentos y estar más llenos, el metro es un éxito o un fracaso, y nunca he cogido el autobús lanzadera).
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Una cuestión que no se menciona a continuación es la experiencia en aduanas/inmigración; ¿alguien sabe si el JFK frente a Newark tiene colas más cortas/rápidas para la tramitación de las llegadas internacionales?
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En cuanto a las colas, depende de cuántos vuelos aterricen a la misma hora que el suyo. Sin embargo, he tenido experiencias casi idénticas en el JFK y en Newark: entre 10 y 20 minutos para pasar por la aduana y el control de pasaportes.