El camino más rápido es el Shinkansen - cualquier otra cosa es mucho más lento.
Autobuses de carretera pueden costar menos de 5.000 yenes (sólo ida), pero tardan más de 8 horas.
La opción más barata (fiable) sería el Seishun 18 que permite 5 días (sin conexión) de viaje ilimitado, pero sólo con trenes de cercanías. Los billetes parcialmente utilizados pueden revenderse, por lo que salen a 2300 yenes (ida). El inconveniente es que requiere cambiar mucho de tren, tarda 9 ó 10 horas de Tokio a Kioto, y sólo está disponible/es válido durante las temporadas de vacaciones de verano e invierno, así que no es aplicable en absoluto.
A 7 días Pase de tren de Japón es, con 28.300 yenes, un poco más caro que un viaje de ida y vuelta Tokio-Kioto en Shinkansen, pero si se hacen más viajes, se amortiza rápidamente. Es válido en todas las líneas JR, lo que incluye algunas líneas locales importantes como Yamanote y Chuo en Tokio, pero no el metro de Tokio.