Esta pregunta es difícil de responder. La primera cuestión es la definición de "tranquilo" La zona entre Ámsterdam y Bruselas está bastante poblada. Sin embargo, hay zonas muy bonitas y tranquilas incluso en las propias ciudades. Como ya menciona @annoyed, el aparcamiento no suele ser gratuito. En holandés hay una expresión que dice que sólo el sol sale gratis, lo que significa que siempre hay una trampa si algo es gratis. Sin embargo, tanto en Ámsterdam como en Bruselas existe el aparcamiento gratuito. El problema de estos lugares es que, o bien se necesita un conocimiento local para encontrarlo, o bien no hay transporte público o éste es limitado en las proximidades.
En Bruselas hay aparcamiento gratuito en las proximidades del atomium y la vecina Jette. En Ámsterdam puede intentar encontrar aparcamiento gratuito en los alrededores de Durgerdam .
Un mejor enfoque sería encontrar un hotel que ofrezca aparcamiento gratuito, o utilizar el P+R que menciona Annoyed en los comentarios. Por 8 euros al día tienes incluso un billete de ida y vuelta en tranvía o autobús.
Para responder a tu pregunta más genérica: deja que Google maps sea tu amigo, hay bastantes opciones decentes. ¿Por ejemplo? Zeist, Kalmthout, Enkhuizen, Hoorn, Lage Vuursche, Lier, Namen, Hasselt, Haarlem, Breukelen (¡origen de Brooklyn!), Hoboken