Si desea permanecer más de 90 días en un periodo de 180 días, necesita un visado nacional de larga duración (tipo D). Incluso si tu visado de 90/180 días (tipo C) sigue siendo válido, al menos en teoría debería ser posible "actualizarlo" a un visado de tipo D. Si vas a Italia a trabajar, también necesitarás un permiso de trabajo. No sé si puedes solicitarlo junto con el visado, o si hay procesos de solicitud separados.
Un visado nacional de tipo D le da derecho a una estancia de larga duración en el país emisor y, en la práctica, los mismos derechos que un visado de tipo C en los demás países Schengen. Se le permite transitar y visitar otros países Schengen dentro de los mismos límites que los ciudadanos del país emisor. Esto puede ser un problema si necesita transitar por otros países Schengen para llegar a Italia. Incluso si obtienes un nuevo visado de tipo D de Italia, yo asumiría que tus 90 días se consideran utilizados y que el nuevo visado en este caso no te dará derecho a entrar o transitar por otros países Schengen.
No obstante, debería hablar de ello con el consulado italiano y poder obtener los detalles necesarios sobre lo que le corresponde con un nuevo visado, si es que le expiden uno.