EDITAR: Esta respuesta está parcialmente desactualizada, las reglas ahora son de 90 días, no 3 meses. La Comisión de la UE proporciona una calculadora (aunque con un aviso legal) y verás que utiliza días calendario, no horas.
Por lo que puedo deducir, lo que cuenta son las fechas de los sellos de entrada y salida, lo cual también es mucho más fácil de rastrear y entender. Por cierto, creo que la regla es "tres meses", no 90 días. No sé si alguien ha puesto a prueba estos detalles en un tribunal y yo no me ofrecería voluntario para hacerlo yo mismo.
Documentos relevantes si deseas investigar esto más a fondo: Código de visas de la UE y Manual para el procesamiento de solicitudes de visas y la modificación de visas emitidas (ambos se pueden obtener en el sitio web de la UE).