El canal azul es para los viajeros de la UE que no tienen nada que declarar. Si tienes algo que declarar debes pasar en cualquier caso por el canal rojo.
La diferencia entre los viajeros procedentes de la UE y los demás viajeros es que algunos procedimientos como la declaración de dinero en efectivo son innecesarios y los límites, por ejemplo, para el alcohol, son mucho más altos que cuando vienen de fuera de la UE. Básicamente puedes importar casi cualquier cosa para tu uso personal. Sin embargo, otros países de la UE no ofrecen canales separados, y para que el sistema funcione parece que se necesitaría alguna forma de asegurarse de que las personas que vienen de fuera de la UE no se cuelen simplemente por el carril de la UE.
No tengo ninguna idea en particular de la razón por la que el Reino Unido organizó las cosas de esa manera, pero el canal azul podría ser una manera de clasificar a los viajeros que son menos propensos a importar algo ilegalmente. Las etiquetas de equipaje de los aeropuertos de la UE están marcadas con rayas verdes para que las personas que van allí por error o intentan hacer trampas (sin ser demasiado inteligentes al respecto) puedan ser fácilmente localizadas.
La única diferencia que pude encontrar entre el Reino Unido y algunos otros países de la UE sin canales separados es que en el Reino Unido, declarar el dinero en efectivo sólo es obligatorio si vienes de fuera de la UE (es la legislación de la UE) mientras que en Francia o Alemania también es obligatorio si vienes de otro país de la UE. Pero no me queda claro cómo esto podría explicar el canal azul.