En cuanto a la pregunta de si es bueno o malo viajar con dos pasaportes, se trata de un duplicado como se ha señalado en los comentarios anteriores. En cuanto a si es mejor el brasileño o el portugués, deberías comprobar primero los requisitos de visado de los diferentes países a los que viajas.
En general, creo que un pasaporte portugués es mejor que uno brasileño, ya que se considera que los europeos están en Asia más bien por negocios que por buscar trabajo con salarios bajos que los brasileños. (Japón, por ejemplo, tiene un número bastante elevado de inmigrantes brasileños que trabajan en empleos mal pagados en fábricas, etc.). Por lo tanto, un pasaporte brasileño podría causar más preguntas en la frontera que uno portugués.