La única solución parece ser contactar directamente con el consulado y preguntarles qué pueden hacer. Dado que se trata de un error, deberían poder corregirlo fácilmente, pero si no lo hacen, no hay ningún procedimiento establecido para conseguir una prórroga rápidamente. No obstante, será necesario ir al consulado en cualquier caso. Por cierto, es un poco tacaño que hagan esto, ya que se recomienda la emisión de visados más largos para los marinos, dada la naturaleza de su trabajo.
Si eso no funciona, todavía puedes intentar conseguir un visado al llegar a puerto al final de tu contrato, los marinos están específicamente mencionados en el reglamento correspondiente (artículo 36 del código de visados Schengen) y asociados Manual como una de las pocas categorías de personas que pueden solicitar un visado en la frontera. No tengo ni idea de cómo funciona en la práctica ni de si podría suponer un problema para tu empleador, pero al menos es legalmente posible.
Probablemente necesitarás tu libreta de marinero, una carta de presentación de la empresa que te contrató y los datos del barco (como presumiblemente hiciste para tu solicitud).