Sí. Cuando aterrice en DF, se le pedirá que pase por inmigración y aduanas con todo su equipaje, luego vuelva a revisar cualquier equipaje facturado, y vuelva a pasar por seguridad. Ya he hecho esto antes, y mi novia lo hizo la semana pasada (LHR -> MEX -> GDL).
Cuando las cosas van bien, no debería llevar más de una hora hacer todo eso. Pero si tienes equipaje facturado, y hay un retraso en la descarga del equipaje, por ejemplo, o es un momento particularmente ocupado del día, hace que tome más tiempo.
Siempre es mejor planear con mucho tiempo que con poco tiempo, OMI. Me gustaría que en menos 2 horas entre vuelos, y me sentiría más cómodo con 3. Más de 4 y estarás matando el tiempo (aunque he aprendido a no importarme eso, si llevo un buen libro).
También tenga en cuenta que MEX es un gran aeropuerto, y dependiendo de donde se encuentren las puertas de llegada y salida, puede pasar hasta 20-30 minutos caminando entre las puertas.