(Calificación: soy ciudadano canadiense y residente permanente japonés)
En Japón no existe un visado de residencia no laboral. Todos los tipos de visado de trabajo requieren el patrocinio de una empresa japonesa o una relación formal con un residente. Tienes razón en que el visado de larga duración no se ajusta a tus necesidades: ese es principalmente para personas que vinieron con un visado de trabajo de 1 o 3 años, cambiaron de trabajo unas cuantas veces, llevan ya una década en el país y tienen suficientes ingresos como autónomos para justificar su permanencia.
Lo mejor que puedes hacer es un visado de inversor, pero eso requerirá un plan de negocios, una cantidad decente de dinero en efectivo y la contratación de algunos locales. Un plan de negocio basado exclusivamente en el trabajo en el extranjero será rechazado casi con toda seguridad.
Si los dos sois menores de 25 años, podéis solicitar unas vacaciones laborales de un año con unas condiciones de trabajo bastante imprecisas. En realidad, no tendréis que trabajar en ningún sitio local.
O (y esto es bastante común) conseguir un trabajo en las distintas escuelas de idiomas. Consigue un visado de trabajo de un año y déjalo al llegar. Tu visado es válido hasta que caduque, así que podrías instalarte en tu apartamento. Renovar un visado así ES posible, puedes demostrar ingresos suficientes y autopatrocinarte. No, no tiene mucho sentido, pero una vez que estás aquí son realmente bastante buenos - la última vez que tuve que lidiar con la inmigración me llevó dos minutos enteros y no me costó nada.