¿No está muy seguro de dónde saca sus indicaciones? El sur de Tailandia es largo y delgado, es el norte desde Hat Yai hasta Bangkok y Krabi.
Si quieres ir en tren, yo lo llevaría hasta Surat Thani o Trang, y luego cambiaría a un autobús. Trang está un poco más cerca (unas 2 horas en autobús), pero es más pequeña y está peor comunicada por tren, mientras que Surat Thani está más lejos (3-4 horas), pero mejor conectada.
La alternativa, que probablemente resulte más rápida y cómoda si se elige bien el autobús, sería tomar un autobús directo de KL a Hat Yai. Son unas 10 horas en total y hay muchas opciones, este sitio Las tarifas parten de 50 RM, pero suele merecer la pena pagar unos cuantos dólares más por un autobús más bonito. Desde Hat Yai se puede coger otro autobús a Krabi, con una duración de unas 4 horas.
Dicho esto, tengo que estar de acuerdo con WW en que el vuelo directo KUL-KBV de Air Asia, de poco más de una hora, sería una obviedad si no se insiste en el transporte por tierra...