A mí me pidieron que saliera e identificara formalmente mis pertenencias antes de que registraran mi coche en una frontera terrestre, así que también ocurre.
Anecdóticamente, en los trenes, he experimentado tratamientos muy diferentes dependiendo (aparentemente) de la clase en la que se viaje. En muchos lugares también se hacen perfiles (basados en la apariencia, el tipo de vagón, etc.). Así que el trato que recibes puede depender de alguna evaluación (subjetiva o sistemática) del riesgo que presentas y/o del nivel de arbitrariedad al que puedes ser sometido sin causar problemas. Y alguien que viaja en autobús es poco probable que tenga conexiones poderosas
Por ejemplo, en la clase más barata de un tren, una vez vi a la aduana y a la policía (tres agencias diferentes y seis o siete agentes en total) subir a bordo a primera hora de la mañana y pasarse media hora preguntando a gritos qué maleta pertenece a quién, comprobando pasaportes, llamando por teléfono para cotejar los números de serie de los teléfonos móviles con alguna base de datos (sí, de verdad). Otro día, en el mismo paso fronterizo, entregué mi pasaporte al empleado por la noche y ni siquiera tuve que levantarme o abrir la puerta de mi coche cama para el control fronterizo.
Con los medios de transporte colectivo, otro factor es que una vez que estás fuera del autobús y esperando en la cola con tus cosas, es fácil apartarte con un mínimo de alboroto y retraso. Hay que tener en cuenta que el contrabando no es lo único que buscaría la policía, también quieren poder filtrar a las personas/evitar que crucen la frontera ilegalmente.
Sería más difícil si pidieran a determinadas personas que salieran del autobús e identificaran sus bolsas cuando ya está claro que han sido marcadas para una inspección secundaria o algo peor. Como ha comentado @pnuts, la gente también podría tener la tentación de "olvidarse" de su bolsa si se ha encontrado algo ilegal en ella, lo cual no es insalvable pero también provocaría retrasos.
