Lo que estás planeando hacer es perfectamente legal. No hay ningún requisito para comprar ningún boleto antes de entrar al área de Schengen y nada en la regulación oficial que prohíba comprar boletos en Amsterdam y quedarse en el Reino Unido en medio de una estadía de 90 días en Schengen. Solo cuentan los días durante los cuales estás presente en el área de Schengen (basado en los sellos de entrada/salida) hacia el límite de los 90 días, así que mientras no te quedes más de 90 días en cualquier período de 180 días, dividir la estadía en dos no es un problema.
Al mismo tiempo, tener todos los boletos relevantes al abordar el vuelo y cruzar la frontera ayudaría a aliviar cualquier preocupación de que estás planeando infringir las reglas. Los guardias fronterizos podrían preguntar sobre eso, pero si tienes un plan creíble, debería estar bien. La aerolínea también querrá verificar tu visa antes de regresar a India, antes de llegar siquiera a Amsterdam, y es probable que el personal de la aerolínea (o, como descubriste, los agentes de viajes) no estén familiarizados con los detalles finos de las reglas. Entonces, si puedes hacerlo, recomendaría comprar algunos boletos al Reino Unido con anticipación para simplificar las cosas.
También ten en cuenta que la estadía máxima es ahora de noventa días, no "tres meses", así que asegúrate de hacer los cálculos correctos y de que saldrás del área de Schengen a tiempo. Parecería prudente tener un pequeño margen al final (es decir, salir después de 80-85 días) en caso de que algo salga mal (un vuelo cancelado no es excusa, aún podrían multarte o incluso perder tu visa si te encuentras atrapado en Amsterdam el último día de tu estadía autorizada).