El crucero embarca en Roma, visita principalmente puertos de Grecia y desembarca en Atenas, desde donde también vuelo, ¿en qué país debo solicitar el visado Schengen?

En pocas palabras, la norma consiste en presentarse al destino principal y, si no hay destino principal, al primer país que vaya a visitar en el espacio Schengen. Basándome en tu descripción, no creo que haya un "destino principal" claro en tu viaje, así que yo aplicaría al país por el que entrarás en el espacio Schengen, es decir, Italia. Pero también es posible considerar Grecia como destino principal por el tiempo que pasarás en las islas.

Lo que ocurre si se dirige a la embajada o consulado equivocado es que deben negarse a tramitar su solicitud de visado según el artículo 18 de la Código del visado Schengen :

Artículo 18

Verificación de la competencia consular

1. Cuando se haya presentado una solicitud, el consulado verificará si es competente para examinarla y decidir sobre ella de conformidad con lo dispuesto en los artículos 5 y 6.

2. Si el consulado no es competente, devolverá sin demora el impreso de solicitud y todos los documentos presentados por el solicitante, reembolsará la tasa de visado e indicará qué consulado es competente.

(El artículo 5 es el que define las normas que he descrito al principio de mi respuesta).

En concreto, no es una "denegación" (artículo 32), no cuenta como decisión negativa o precedente e incluso deberían devolverte los documentos y el dinero (cosa que no ocurre con una denegación), por lo que no has perdido nada, salvo el tiempo que tardes en esperar a que el consulado se ponga en contacto contigo y vuelvas a presentar la solicitud en otro sitio.

Si empiezas en Roma, lo más fácil es presentar la solicitud en la embajada italiana de tu país, aunque no es estrictamente necesario. En cualquier caso, te preguntarán por el motivo de tu visita y podrás mostrarles tu itinerario.