¿Se me denegará el visado si ya he permanecido en otro país?

Depende de si se dan cuenta (no tienes que revelar nada de eso en el formulario como para otros países) y probablemente del resto de tu solicitud.

Si se dan cuenta, puede que te denieguen el visado, no porque haya ninguna norma formal que prohíba a las personas que se han quedado más tiempo del permitido en otro lugar, sino porque va en detrimento de tu credibilidad: Ahora dices que saldrás del espacio Schengen dentro de tres meses, pero la última vez que lo hiciste implícitamente (concretamente para tu visita a Sudáfrica), en realidad te quedaste más tiempo ilegalmente.

Por lo tanto, el consulado podría dictaminar legítimamente que su "intención de abandonar el territorio de los Estados miembros antes de la expiración del visado no ha podido ser comprobada", que es uno de los motivos habituales para denegar un visado.