Visado japonés expedido en Roma, ¿tendría problemas para pasar primero por Filipinas?

Al llegar a Japón (supongamos que llega al aeropuerto de Narita) pasará por los siguientes pasos ( enlace )

1. cuarentena
2. inmigración
3. equipaje
4. cuarentena para plantas/productos animales
5. inspección de equipajes e impuesto de importación

En el paso 2 todas las personas de todos los países pasan por inmigración. Lo que es menos importante de donde vienes es si tienes un visado para entrar en el país. Si tienes un visado expedido desde cualquier parte del mundo, deberías poder entrar en el país con este visado. (No has dicho la nacionalidad de tu pasaporte ni el tipo de visado, pero por ejemplo yo he llegado antes con un visado de estudiante de Alemania desde la India y no hubo problema. Pero entonces, estoy viajando con un exento de visado pasaporte).

Sólo para estar seguro, he comprobado el sitio de la Embajada de Japón en Filipinas y el Cuarentena en el aeropuerto de Narita y no encontró ninguna razón particular por la que los viajeros procedentes de (o a través de) Filipinas recibieran un trato especial.

No, no hay ninguna restricción sobre el lugar desde el que se viaja, siempre que se cumplan los demás requisitos del visado.