Este es un extracto de este y esta respuesta mía. Ver también esta pregunta y sus respuestas aunque esté a punto de ser marcado como duplicado.
azair tiene unas opciones de búsqueda muy potentes (ver las opciones avanzadas), que incluyen la elección del día de vuelta y de salida, la duración de la estancia, el periodo en el que debe producirse el viaje y una serie de aeropuertos de salida y llegada. Tal y como lo pides, buscan las conexiones en billetes separados (considere también este Q&A) incluso en diferentes compañías aéreas (de bajo coste).
Skypicker hace lo mismo y te permite rodear la salida/destino en un mapa, tiene rango de fechas y también algún tipo de "promesa" para ayudarte si pierdes una conexión no garantizada.
Por último, tenga en cuenta Los pros y los contras de volar con billetes separados.