Sí, puedes hacer eso. Si no necesitas visa, salir y entrar repetidamente no es un problema en absoluto, siempre y cuando no excedas los 90 días en cualquier período de 180 días como máximo (si necesitaras visa, también sería posible pero dependería del número de entradas permitidas en tu visa).
Nota que es un período de 180 días móviles, no puedes regresar en los últimos 18 días y luego comenzar otra estadía de 90 días, es más complicado que eso. La comisión de la UE proporciona una calculadora para ayudarte a entender cómo funciona en la práctica y cuántos días quedan.
Lo único es que si solo te quedan un par de días, es posible que quieras estar preparado para explicar tus planes al guardia fronterizo para demostrar que comprendes las reglas y que no planeas quedarte más tiempo del permitido (¡solo si te lo preguntan, por supuesto, lo cual es muy probable que no hagan!).