Debería poder entrar por otro puerto de entrada, pero su solicitud de residencia para el visado le restringirá la estancia.
Según un documento de la Sitio web del Ministerio del Interior ,
Los extranjeros que deseen permanecer en Italia deben solicitar el permiso de residencia. Quien llega a Italia por primera vez debe solicitar el permiso de residencia en un plazo de 8 días.
Se puede argumentar que entrar en Italia es diferente a entrar en el Espacio Schengen. Si bien esto puede ser cierto, mi situación mientras visitaba Francia con un visado de estudios similar me impidió pasar mucho tiempo fuera de Francia antes de que se emitiera/solicitara mi permiso de residencia.
Siempre que pueda solicitar el permiso de residencia a tiempo, mientras se tramita su permiso, Italia le permite para viajar en el Espacio Schengen durante los primeros 90 días del inicio de su visado. Después podrás viajar sin problemas.
ENTRADA ÚNICA más de 90 días de estancia VISADO DE ESTUDIOS DE LARGA DURACIÓN ITALIANO (tipo D): Con este visado, puedes viajar desde Italia sólo dentro del Espacio Schengen durante el primeros 90 días de su visita; después, una vez que tenga un permiso de estancia italiano (véase más abajo) podrá viajar libremente.
ENTRADA MÚLTIPLE más de 90 días de estancia VISADO DE ESTUDIOS DE LARGA DURACIÓN ITALIANO (tipo D): Este visado le permite entrar y salir de Italia y de los otros países Schengen durante el los primeros 90 días de su visita; después podrá seguir haciéndolo, pero sólo con un permiso de estancia (véase más abajo).
Lamentablemente, no mencionan explícitamente si se puede entrar en el Espacio Schengen a través de otro puerto de entrada, pero como sí te permiten visitar otros países durante los primeros 90 días, no sospecho que haya problemas. Por supuesto, la mejor manera de resolver esto es llamar a VFS Global que ofrece servicios de visado italiano en la India.